Author: Torbjørn Ekrem

  • DNA barcoding of fish eggs

    In order to manage stocks of freshwater fish in the best possible way, you need to know time and place of spawning. The Freshwater Ecology & Inland Fisheries Laboratory at the Natural History Museum (NHM) in Oslo has collected fish eggs at different places during spring-time in the lower parts of the rivers Nitelva and Leira. The eggs were barcoded at NHM. With the help of the reference library of fresh water fishes, the eggs were determined to be asp, ide and roach. Asp and ide were found in Nitelva and in a side-river to Leira. Eggs of roach were identified from collections later in the season. This will aid the management of these fish species.

    Asp. Foto: Henning PavelsAsp. Photo: Henning Pavels. Text: Gunnhild Marthinsen.

  • DNA-strekkoding av fiskeegg

    God forvaltning av ferskvannsfisk krever kunnskap om gyteområder og gytetidspunkt. Laboratorium for ferskvannsøkologi og innlandsfiske ved Naturhistorisk museum (NHM) i Oslo har i vår samlet fiskeegg ulike steder i nedre del av Nitelva og Leiravassdraget. Eggene ble strekkodet ved NHM og ved hjelp av referansebiblioteket på ferskvannsfisk kunne eggene bestemmes til asp, vederbuk og mort. Asp og vederbuk ble påvist i Nitelva og en av sideelvene til Leira. Egg av mort ble også påvist senere på våren. Denne informasjonen vil være til god hjelp i forvaltningen av disse fiskeartene.

    Asp. Foto: Henning PavelsAsp. Foto: Henning Pavels. Tekst: Gunnhild Marthinsen

  • Barcode managers på plass

    NorBOL er nå etablert som nasjonal forskningsinfrastruktur for DNA-strekkoding. Som en del av prosjektet har det våren 2014 blitt ansatt fire såkalte barcode managers ved universitetsmuseene i Bergen, Oslo, Tromsø og Trondheim. Disse vil være regionale kontaktpunkt, koordineringsansvarlige og støttespillere i den praktiske uviklingen av strekkodebiblioteket over norske arter. Vi i NorBOL er veldig fornøyde med at disse svært gode kandidatene takket ja til stillingene, ønsker alle hjertelig velkomne, og ser frem til nært samarbeid i tiden fremover. Dette er NorBOLs barcode managers:

    Aina Mærk Aspaas

    Aina Mærk Aspaas

    Aina har bakgrunn innenfor ferskvannsøkologi, og har erfaring med molekylære teknikker innenfor økologi og systematikk fra studiene. I sin masteravhandling har hun jobbet med bentiske invertebrater i subalpine bekker, med hovedfokus på døgnfluer, steinfluer og vårfluer. Hun har tidligere jobbet med flere forskjellige prosjekter tilknyttet BOLD, i hovedsak på fjærmygg og blomsterfluer, men også maur, mikrosommerfugler og sviknott. I tillegg har hun samarbeidet med Ringve Botaniske hage i forbindelse med innsamling og prøvetaking av plantemateriale fra hagen. Hun har også hatt opplæring av nye brukere i BOLD i forbindelse med NorBOL workshopene i Trondheim i 2013 og 2014. Aina vil være regionalt kontaktpunkt for Midt-Norge og koordinere strekkodingen av ferskvannsinvertebrater og moser i Norge.

    Marie Kristine Føreid

    Marie Føreid

    Marie er utdannet innen økologi med bachelorgrad fra Universitetet i Bergen og mastergrad fra Universitetet i Tromsø. Masteroppgaven ble gjort i samarbeid mellom UiT og Universitetssenteret på Svalbard (UNIS) med tittelen «Regional phylogeography of a clonal salt marsh species, Puccinellia phryganodes (Poaceae), in Svalbard».  Gjennom mastergraden har Marie erfaring med teknikken AFLP samt feltarbeid på Svalbard. Etter endt studie har Marie blant annet fått erfaring med feltarbeid i Nord-Norge, arbeid på Clean lab med ancient DNA og flere ulike DNA ekstraheringsmetoder. Marie vil være kontaktpunkt for Nord-Norge og i samarbeid med Inger Alsos koordinere den nasjonale strekkodingen av karplanter og sekksporesopp.

    Katrine Kongshavn

    Katrine Kongshavn

    Katrine har arbeidet ved evertebratavdelingen ved Universitetsmuseet i Bergen siden 2009, da hun avsluttet sin mastergrad i biodiversitet, evolusjon og økologi. Hun har siden den gang vært involvert i ulike prosjekter ved museet; først generelt musealt arbeid i forbindelse med flytting av den vitenskapelige delen av samlingene til nye lokaler, mens hun i senere år primært har arbeidet med MAREANO-prosjektet. Hun har vært og er fremdeles involvert i prosjekter på afrikansk bunnfauna, materiale i fra Skagerrak (BIOSKAG) og børstemarkdiversitet i norske farvann (PolyNor). Den marine biodiversiteten er et tema hun fascineres av, og hun gleder seg til å se resultatene av innsatsen som legges inn i NorBOL. Barcodingen av marine evertebrater og taksonomisk beslektede grupper (f. eks. terrestre Annelida og Crustacea) vil bli koordinert i fra Universitetsmuseet i Bergen. Samlingene har en blogg som oppdateres jevnlig, her vil det også komme NorBOL-nyheter: https://evertebrat.b.uib.no/

    Gunnhild Martinsen

    Gunnhild Marthinsen

    Gunnhild Marthinsen har en PhD i populasjonsgenetikk på fugl fra Universitetet i Oslo fra 2007. Etter endt doktorgrad har hun jobbet som DNA-labtekniker og DNA strekkode-koordinator ved Naturhistorisk museum i Oslo. Hun har bred bakgrunn i molekylærgenetiske metoder og har jobbet mye med sekvensering av COI hos diverse dyregrupper. Hennes forskningsmessige interesser har ligget innenfor underartsproblematikk og artsdannelse, og det er mest de genetiske metodene og metodeutvikling hun har engasjert seg i. Som NorBOL manager ved Naturhistorisk museum har hun ansvar for koordineringen av DNA strekkoding av terrestriske insekter, stilksporesopper, lav og mindre ikke-marine invertebrater. Videre er hun kontaktpunkt for strekkoding på Østlandsområdet og Agder-fylkene.

  • Hvilket potensial har DNA-strekkoding i kartlegging av arter? – En bacheloroppgave fra HiNT

    Som avslutning på sin bachelorgrad i naturforvaltning ved Høgskolen i Nord-Trøndelag våren 2014 har student Mona Saursaunet skrevet en bacheloroppgave om DNA-strekkoding og kartlegging av arter. Oppgaven består av en praktisk og en teoretisk del. Den praktiske delen omhandler prosessene i metodikken DNA-strekkoding med fokus på gruppen fjærmygg (Chironomidae). Dette arbeidet har foregått på NTNU Vitenskapsmuseet med veiledning fra Torbjørn Ekrem og Elisabeth Stur. Den teoretiske delen av oppgaven diskuterer hvilket potensial DNA-strekkoding har som verktøy i norsk kartlegging av arter, særlig med tanke på forvaltning av artene.

    Etter endt artikkelsøk og kontakt med parter involvert i kartleggings- og utredningsarbeid, var hovedfunnene fra oppgaven at DNA-strekkoding i norsk kartlegging av arter ser ut til å ha et stort potensial. I midlertid mangler det protokoller som er hensiktsmessig å bruke i slik sammenheng i dag.

    Den fullstendige utgaven av bacheloroppgaven kan leses her: Saursaunet 2014.

    Mona Saursaunet
    Mona Saursaunet netter fjærmygg ved Ringvedammen

     

  • NorBOL photo competition

    A quite informal photo competition was held as a runner-up for the NorBOL kick-off meeting on March 10, 2014. The best DNA barcode related image, graphic or montage would decorate the NorBOL main web page for some time. Katrine Kongshavn from the University Museum of Bergen won, but there were several great contributions. Here are the three best:

    Nereis pelagica fra Sognefjorden
    Nereis pelagica fra Sognefjorden. Foto Katrine Kongshavn
    Sample SB_123. Foto Inger G. Alsos
    Sample SB_123. Foto Inger G. Alsos
    Campylaspis rubicunda (Liljeborg, 1855) (Cumacea). Foto Linn Hagenlund
    Campylaspis rubicunda (Liljeborg, 1855) (Cumacea). Foto Linn Hagenlund
  • NorBOL fotokonkurranse

    Frem mot den offisielle åpningen av NorBOL som nasjonal forskningsinfrastruktur for DNA-strekkoding 10. mars 2014 ble det avholdt en uhøytidelig fotokonkurranse. Beste DNA strekkkoderelaterte foto, grafikk eller montasje skulle få pryde NorBOLs hovedside en tid fremover. Katrine Kongshavn fra Universitetsmuseet i Bergen leverte det beste bildet, men det var flere gode bidrag. De tre beste vises her.

    Nereis pelagica fra Sognefjorden
    Nereis pelagica fra Sognefjorden. Foto Katrine Kongshavn
    Sample SB_123. Foto Inger G. Alsos
    Sample SB_123. Foto Inger G. Alsos
    Campylaspis rubicunda (Liljeborg, 1855) (Cumacea). Foto Linn Hagenlund
    Campylaspis rubicunda (Liljeborg, 1855) (Cumacea). Foto Linn Hagenlund
  • NorBOL blir nasjonal forskningsinfrastruktur for DNA-strekkoding

    I disse dager signeres kontraktene med Norges forskningsråd og Artsdatabanken om videre finansiering av det norske nettverket for DNA-strekkoding for perioden 2014-2018. Alt ligger dermed til rette for at NorBOL kan utvikles til en fullskala nasjonal forskningsinfrastruktur for DNA-strekkoding de neste fem årene.

    Den videre utbyggingen av det åpne biblioteket med DNA strekkoder over norske arter i Barcode of Life Data Systems vil naturlig nok ha et sterkt fokus, men også kompetanse- og nettverksbygging hos NorBOL-partnere vil bli prioritert. Prosjektet ledes fra NTNU Vitenskapsmuseet i Trondheim med hovedsamarbeidspartnere ved Universitetsmuseet i Bergen, Naturhistorisk museum i Oslo, Tromsø museum – Universitetsmuseet og Biodiversity Institute of Ontario i Guelph. Andre norske samarbeidspartnere i NorBOL, spesielt forskningsinstituttene (se her), vil fortsatt være viktige bidragsytere i prosjektet ettersom svært mye av den taksonomiske kompetansen ligger her. Alle NorBOL partnere er invitert til å delta i prosjektets rådgivende gruppe mens noen utvalgte insitusjoner vil utgjøre styringsgruppen.

    Prosjektet har en budsjettert total økonomisk ramme på ca. 100 mill. kroner over fem år. Av dette er drøyt 70% estimert egenbidrag fra samarbeidspartnere og andre forskning- og kartleggingsprosjekter. Det resterende beløpet finansieres av Norges forskningsråd (25,6 mill.) og Artsdatabanken (4 mill.) og vil i hovedsak bidra til ansettelse av fire “barcode managers” ved universitetsmuseene, prosjektkoordinering, workshops og delfinansiering av analysekostnader.

    Følg med på norbol.org eller @norwbol på Twitter for jevnlige oppdateringer på prosjektet.

  • NorBOL will be national research infrastructure

    The Norwegian Barcode of Life Network (NorBOL) recently received notice of new and continued funding from the Research Council of Norway (RCN) and the Norwegian Biodiversity Information Centre (NBIC) for development of NorBOL to a full scale national research infrastructure. The funding period is for five years (2014-2018).

    The project will have a strong focus on the further development of an open access barcode library of Norwegian species in Barcode of Life Data Systems, but also capacity building and networking among the NorBOL-partners will have priority. The RCN and NBIC funded project is coordinated by the NTNU University Museum in Trondheim with the main collaborative partners at the  University Museum of Bergen, the Natural History Museum i Oslo, the Tromsø University Museum and the Biodiversity Institute of Ontario at the University of Guelph. Other Norwegian collaborators in NorBOL, particularly the research institutes (see list here), will be continue to be very important contributors to he projects as a considerable amount of expertise is located here. All NorBOL partners are invited to join the project’s advisory board while a smaller assemblage of partners will constitute NorBOL’s steering board.

    The project has a total budget of c. 100 M NOK over five years. About 70% is estimated in kind support from project partners and associated research and inventory projects. The remaining funding of the project is covered by The Research Council of Norway (25,6 mill.) and the Norwegian Biodiversity Information Centre (4 mill.) and will largely fund four “barcode managers” at the University Museums, project coordination, workshops and parts of the analytical costs related to DNA sequencing and databasing.

    Visit norbol.org and follow @norwbol on Twitter for regular updates on the project.

  • New workshop on DNA barcoding

    The NTNU University Museum is pleased to invite you to a new workshop on DNA barcoding. The workshop will take place at the Museum’s Department of Natural History in Trondheim 25-27 March , 2014.

    IMG_0004

    The aim of the workshop is to give the participants practical and theoretical knowledge about the use of DNA barcoding in biodiversity studies. Most of the time will be used for practical work on material from own projects. There will be introductory lectures on all topics. A program is available here: Program workshop.

    The workshop is funded by NorBOL and will cover travel costs (cheapest option), hotel and food for one person per ongoing project. All participants must bring material for DNA barcoding or DNA sequences and associated data for uploading to their own project in BOLD. Animals, plants or fungi from Norway are relevant for barcoding through NorBOL, especially material from inventory projects with funding from the Norwegian Taxonomy Initiative. The number of participants will be limited to 15, and it is a good idea register early.

    Registration is done via e-mail to Elisabeth Stur (elisabeth.stur@ntnu.no) by February 23.

    Your email must include:

    1. Name, address and contact information.
    2. If you need accommodation.
    3. How many individuals of which group(s) you plan to process during the workshop.
    4. What topics you want to learn more about (multiple choice possible):
      • Structure of the Barcode of Life Data Systems (BOLD, www.boldsystems.org)  and how to start a new project.
      • Taking tissue samples, filling of sample plates.
      • Imaging and submitting photos to BOLD.
      • Submission of own sequences and trace-files to BOLD.
      • Sequence/diversity analytical tools in BOLD.

     

    We hope that many of you have the opportunity to attend!

    Elisabeth Stur & Torbjørn Ekrem

    NTNU University Museum, Department of Natural History, Erling Skakkesgate 47A, Trondheim (see map)

  • Ny workshop på DNA-strekkoding

    NTNU Vitenskapsmuseet har den glede å invitere til en ny workshop om DNA-strekkoding. Workshopen vil foregå ved Vitenskapsmuseets Seksjon for naturhistorie i Trondheim 25-27. mars, 2014.

    IMG_0004

    Målet med workshopen er at deltakerne skal få praktisk og teoretisk kunnskap om bruk av DNA-strekkoding i biomangfoldstudier. Det er derfor tenkt at mest av tiden vil benyttes til praktisk arbeid der det jobbes med materiale fra egne prosjekter. Det vil bli holdt en kort innføringsforelesning. Programmet er tilgjengelig her: Program workshop.

    Workshopen er finansiert av NorBOL og vil dekke reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for en person per pågående prosjekt. Det forutsettes at deltakerne tar med materiale for strekkoding eller egenproduserte sekvenser samt tilhørende data for opplasting til egne prosjekt i BOLD. Dyr, planter eller sopp fra Norge er aktuelt, spesielt materiale fra kartleggingsprosjekter i Artsprosjektet. Antall deltakere vil være begrenset til 15, og det anbefales å være tidlig ute med påmeldingen.

    Påmelding gjøres per e-post til Elisabeth Stur (elisabeth.stur@ntnu.noinnen 23. februar.

    Påmeldingen må inneholde:

    1. Navn, adresse og kontaktinformasjon
    2. Om du har behov for overnatting
    3. Hvor mange individer av hvilke(n) gruppe(r) du planlegger å prosessere i løpet av workshopen.
    4. Hvilke tema du ønsker å lære mer om (flere valg mulig):
      • Oppbygning av Barcode of Life Data Systems (BOLD, www.boldsystems.org) og hvordan starte et nytt prosjekt.
      • Vevsprøvetaking, fylling av prøveplater.
      • Bildetaking og innsending av bilder til BOLD.
      • Innsending av egenproduserte sekvenser og trace-files til BOLD.
      • Analysering av sekvenser/diversitet med verktøy i BOLD.

     

    Vi håper at mange har anledning til å komme!

    Elisabeth Stur & Torbjørn Ekrem

    NTNU Vitenskapsmuseet, Seksjon for naturhistorie, Erling Skakkesgate 47A, Trondheim (se kart)

Translate »