Author: Torbjørn Ekrem

  • DNAqua-Net: En COST-aksjon for utvikling av genetiske verktøy til undersøkelse av akvatiske økosystem

    dnaqua_net-logo

    Vann er en uerstattelig naturlig ressurs som samtidig er sterkt påvirket av menneskelig aktivitet. Ferskvann er hjem til nærmere 100 000 arter, nesten 6% av det kjente artsmangfoldet på kloden. Mange av disse artene har spesifikke krav til miljøet de lever i og er gode indikatorer for vannkvalitet og forurensning. Allikevel blir en stor del av artsgruppene ikke vurdert i kartlegging og overvåkning av ferskvann fordi de er vanskelige og tidkrevende å identifisere på ytre kjennetegn. Nye avlesningsteknikker for DNA muliggjør storstilt DNA-sekvensering av miljøprøver og kan revolusjonere måten vi vurderer og overvåker mangfoldet i ferskvann. Miljøstrekkoding, som dette kalles, vil dermed bli et viktig verktøy for Norges og andre europeiske lands oppfølging av EUs Vanndirektiv. DNAqua-Net har som mål å samle Europeiske forskningsmiljø for å etablere felles europeiske standarder for bruk av genomikk-verktøy i analyse og overvåkning av biologisk mangfold i ferskvann. Nettverket vil også utvikle en plattform for trening av neste generasjons forskere innenfor dette fagområdet.

    Det første oppstartsmøte for DNAqua-Net ble holdt i COST sine lokaler i Brussel 20. oktober, 2016. Her ble aksjonen formelt godkjent og ledere for nettverket og deres arbeidsgrupper valgt. Så langt er 31 land tilknyttet aksjonen, med representanter i management committee oppnevnt av nasjonale COST-koordinatorer. Norges representanter er Trude Vrålstad (Veterinærinstituttet) og Torbjørn Ekrem (NTNU Vitenskapsmuseet). Aksjonens første konferanse skal holdes i Essen, Tyskland, 6-8 mars, 2017, med påfølgende møter i de fem arbeidsgruppene (ledere i parentes):

    • DNA Barcode References (Torbjørn Ekrem, Norge + Fédor Ciampor, Slovakia)
    • Biotic Indices & Metrics (Jan Pawlowski, Sveits + Maria Kahlert, Sverige)
    • Lab & Field Protocols (Kat Bruce, UK + Emre Keskin, Tyrkia)
    • Data Analysis & Storage (Kessy Abarenko, Estland + Diego Fontaneto, Italia)
    • Implementation Strategies & Legal Issues (Patricia Mergen, Belgia + Daniel Hering, Tyskland)

    participants-dnaqua-net-meeting-brusselsDeltakere på oppstartsmøtet til COST-aksjonen DNAqua-Net.

  • Natural History Museum at the Oslo Science Fair

    The Natural History Museum in Oslo and NorBOL participated at the Oslo Science Fair September 23-24, 2016. At our stand we communicated challenges with biological, morphological and genetic species definitions. Fifteen hundered shots of juice were served with the task of identifying which three fruits the juice was composed of. To help them with the task, people received visual DNA barcodes of the fruits as well as a reference library of fruit barcodes. Many learned how DNA barcoding can be used to determine the content of food.

    Gunnhild med juicenGunnhild Marthinsen serves unknown juice at the Oslo Science Fair. Photo Dag Inge Danielsen CC-BY.

    juice-testingPhD-student Sonja Kistenich shows how DNA barcoding works. Photo Gunnhild Marthinsen CC-BY.

    Gunnhild

  • NorBOL at Researchers’ Night 2016

    On Friday September 23 time had come for Researchers’ Night in the NTNU Science Building. Like previous years, the interest for participation was great and more than 1100 high school students trawled the stands, attended lectures and visited labs at NTNU. NorBOL was present with a stand on DNA barcoding and LifeScanner.

    NorBOL at RNXiaolong and Aina welcome visitiors to NorBOL’s stand at Researchers’ Night 2016. Photo Torbjørn Ekrem CC-BY.

    At our stand, students and teachers were challanged to do practical DNA barcoding: Three visualized DNA sequences from unknown prey had been retrieved from a boreal owl pellet and could be compared to known sequences in a reference library. The task was not necessarily simple and created good discussions among the participants. As prize and proof of particpation, the stydents received #mydnabarcode stickers.

    Referansebibliotek RNTorbjørn explains how DNA barcoding works. Photo Xiaolong Lin CC-BY.

    Active visitors at the NorBOL stand. Video Torbjørn Ekrem CC-BY.

    Thanks to Aina, Erik and Xiaolong for excellent contributions to the NorBOL stand and Researcher’s Night!

    Torbjørn

  • Velkommen til workshop i DNA-strekkoding

    NorBOL og Naturhistorisk museum i Oslo inviterer til workshop i DNA-strekkoding 6.-8. februar 2017. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshop’en: fotografering, prøvetaking og utfylling av dataark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger.  Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD v4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

    Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 10 deltakere.

    Påmelding gjøres til Gunnhild Marthinsen på epost innen 20. januar 2017. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 15. desember for ikke å komme på venteliste.

    Påmeldingen må inneholde

    • navn, adresse og kontaktinformasjon
    • om du har behov for overnatting
    • eventuelle allergier eller diettkrav
    • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med:
    • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
    • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
    • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
    • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD v4

    Vi håper mange har mulighet til å delta!

    Hilsen Gunnhild Marthinsen

  • NorBOL på Forskningstorget i Oslo

    Naturhistorisk museum i Oslo og NorBOL deltok på Forskningstorget i Oslo 23-24. september 2016 hvor vi formidlet problematikk rundt biologiske, morfologiske og “genetiske” arter. Femten hundre shotsglass med juice ble delt ut, og folk fikk prøve å smake seg til hvilke tre frukter juicen bestod av. Til hjelp hadde de «strekkodene» til de tre fruktene, og et bibliotek over frukt-strekkoder. Dermed lærte mange at DNA strekkoding kan brukes til bestemmelse av ingredienser i matvarer.

    Gunnhild med juicenGunnhild Marthinsen serverer ukjent juice på Forskningstorget. Foto Dag Inge Danielsen CC-BY.

    juice-testingPhD-student Sonja Kistenich viser hvordan DNA-strekkoding fungerer. Foto Gunnhild Marthinsen CC-BY.

    Gunnhild

  • NorBOL på ungdommens forskernatt ved NTNU

    Fredag 23. september var det igjen tid for Researchers’ Night – ungdommens forskernatt i Realfagbygget på NTNU. I år som tidligere var det svært stor interesse fra skoler som ville delta og over 1100 elever fra videregående skole trålet gjennom stands, forelesninger og laboratoriebesøk i løpet av de fire timene arrangementet varte. NorBOL stilte med stand om DNA strekkoding og LifeScanner.

    NorBOL at RNXiaolong og Aina ønsker velkommen til NorBOLs stand på Researchers’ Night 2016. Foto Torbjørn Ekrem CC-BY.

    Hos oss fikk elever og lærere få prøve seg på praktisk DNA-strekkoding: DNA-sekvenser fra ukjente byttedyr i en gulpebolle ble sammenlignet visuelt med kjente sekvenser i et lite referansebibliotek. Oppgaven var ikke nødvendigvis veldig lett og skapte stort engasjement. Som premie for utført oppgave fikk elevene klistremerker med #mydnabarcode.

    Referansebibliotek RNTorbjørn forklarer hvordan DNA-strekkoding virker. Foto Xiaolong Lin CC-BY.

    Stor aktivitet på NorBOLs stand. Video Torbjørn Ekrem CC-BY.

    Mange takk til Aina, Erik og Xiaolong som gjorde en glimrende innsats i forberedelse og gjennomføring av vår stand!

    Torbjørn

  • Mushroom Day at Tromsø University Museum

    Every year in the mushroom-season, the Tromsø Mushroom Society arrange mushroom check-points at the Tromsø University Museum where the general public can have their collected mushrooms identified. They also invite to guided tours and celebrate “Mushroom Day”. NorBOL attended all check-points so far this year and has received plenty of species for DNA barcoding.

    Sopp fra soppens dagOne of the sampled mushrooms: Hygrocybe cf. pratensis. Photo Marie K. Føreid Merkel CC-BY.

    “Mushroom Day” was held at Tromsø University Museum on September 4th and included an exhibition of freshly picked specimens as well as the regular check-point and a local guided tour. NorBOL attended the event and received about 20 new species for barcoding. Most of these came from the exhibition made by the Mushroom Society, but some were also donated by the visitors.Sopputstilling på soppens dagMushroom exhibition on Mushroom Day. Photo Marie K. Føreid Merkel CC-BY.

    During collection of specimens for the exhibition, one new species to North Norway was found. This specimen will be barcoded. NorBOL staff used the opportunity to talk to visitors about DNA barcoding, the work that they do and how mushrooms are preserved and stored in the scientific collections at the museum. So far, NorBOL har received more than 120 species from the area of Tromsø, with great help from the Mushroom Society.

    We hope that the last to check-point dates (11 and 18 September) will bring in even more specimens, and that we can continue our outreach on DNA-barcoding to the general public. Thanks to the Tromsø Mushroom Society for excellent collaboration!

    Marie K. Føreid Merkel

  • Soppens dag i Tromsø

    Hvert år holder Tromsø soppforening soppkontroller på Tromsø Museum i soppsesongen. De arrangerer også turer for publikum og marker soppens dag. NorBOL har vært med på soppkontrollene som har blitt holdt så langt i år, og etter 3 av 5 kontroller har vi fått inn mange sopparter til DNA strekkoding.

    Sopp fra soppens dagEn av soppene som ble prøvetatt: Hygrocybe cf. pratensis. Foto Marie K. Føreid Merkel CC-BY.

    Soppens dag ble holdt søndag 4. september ved Tromsø museum med soppkontroll, utstilling av fersk plukket sopp samt en sopptur i nærområdet. NorBOL var til stedet under hele arrangementet og vi fikk inn ca. 20 nye arter til DNA strekkoding. De fleste kom fra utstillingen som Tromsø soppforening hadde laget og noen ble donert fra publikum.

    Sopputstilling på soppens dagSopputstilling på soppens dag. Foto Marie K. Føreid Merkel CC-BY.

    Under innsamlingen av materialet til Tromsø soppforenings utstilling ble det funnet en ny art for Nord Norge og denne blir nå DNA-stekkodet. Publikum ville gjerne vite mer om NorBOL, alt fra prosjektets mål og prøvetaking til hvordan prøvetatte individer blir oppbevart i Tromsø Museums samlinger. Så langt i sesongen har vi fått inn ca. 120 sopparter og det med stor hjelp fra Tromsø soppforening.

    NorBOL kommer også til å delta på de to siste soppkontrollene (11. og 18. september) og vi håper på å få inn flere arter til strekkoding samt formidle informasjon om NorBOL til publikum. Mange takk til Tromsø soppforening for godt samarbeid!

    Marie K. Føreid Merkel

  • Barcode of Life conference heading for Kruger National Park

    Imagine this: You wake up before the sun rises, find your guide and get set for today’s “morning drive” to watch elephants, lions and rhinoceros as the first rays of sun hit the bushland. You return to the camp and enjoy an excellent breakfast before the first plenary of the day on environmental barcoding of North American wetlands. This dream can come true before you realize: The seventh Barcode of Life conference will be held in Kruger National Park, South Africa, 20-24 November 2017.

    Photo: T. Ekrem CC-BYElephants in South Africa. Photo Torbjørn Ekrem CC-NC-SA.

    The international conferences on DNA barcoding have been held every second year since 2005 (in London) and have continuously increased in size and content. The participants come from all over the world and present their research, educational programs and public outreach initiatives. All aspects of DNA barcoding and metabarcoding are covered and the presentations can include anything from development of methods and taxonomy to citizen science, applied ecology and nature management. The last meeting in Guelph (2015) had 600 participants from 60 countries. Time will tell if the upcoming meeting can beat those numbers…

    The scientific program for the meeting is under development, but several invited speakers have already accepted. The theme of the conference will be “Exploring mega-diverse biotas with DNA barcodes”. Registration will open December 1, 2016 and end November 1, 2017. The main lecture hall has room for 700 guests, so the meeting probably will not be fully booked the first week. Nevertheless, it might be a good idea to sign up early!

    See you in Kruger!

  • Barcode of Life konferanse til Kruger nasjonalpark

    Se for deg dette: Du våkner før solen har stått opp, finner guiden og drar ut på dagens “morning drive” for å se elefanter, løver og nesehorn i soloppgangen. Du kommer tilbake, får servert en bedre frokost og kommer akkurat tidsnok til første plenumsforedrag om miljøstrekkoding av nordamerikanske våtmarker. Drømmen kan bli virkelighet før du aner det: Den syvende Barcode of Life konferansen skal holdes i Kruger nasjonalpark, Sør-Afrika, 20-24 november 2017.

    Photo: T. Ekrem CC-BYElephants in South Africa. Foto Torbjørn Ekrem CC-NC-SA.

    De internasjonale konferansene på DNA-strekkoding har blitt arrangert hvert andre år siden 2005 (i London) og siden da bare økt i størrelse og omfang. Deltakerne kommer fra alle verdenshjørner og presenterer sin forskning, undervisning og formidling. Alle aspekter rundt DNA-strekkoding og metabarcoding er med, og presentasjonene kan omfatte alt fra metodeutvikling og taksonomi til citizen science, anvendt økologi og naturforvaltning. Forrige møte i Guelph (2015) hadde 600 deltakere fra 60 land og markerte det foreløpige høydepunktet i konferanserekken. Det spørs om ikke neste års event blir enda en ny høydare.

    Det arbeides fremdeles med konferansens faglige program, men flere inviterte foredragsholdere har allerede akseptert og hovedtema for møtet er “Exploring mega-diverse biotas with DNA barcodes”. Påmeldingen åpnes 1. desermber 2016 og ender 1. november 2017. Med plass til rundt 700 personer i den største foredragssalen blir det kanskje ikke fullbooket første uka, men muligens er det lurt å være tidlig ute med påmeldingen likevel?

    Vi sees i Kruger!

Translate »