Author: Torbjørn Ekrem

  • Nye lav til samlinger og strekkoding

    32 lavforskere fra 12 europeiske land møttes i Steinkjer i uken 3-7 august 2015 for en feltekskursjon og et symposium. NorBOL var til stede og benyttet anledning til å ta nesten 150 prøver av lav for DNA strekkoding, mange av dem av arter som deltagere hadde spesiell kompetanse på. Møtet var arrangert av Nordisk lichenologisk forening og var delvis finansiert av Artsdatabanken og NorBOL.

    – Einar Timdal, Naturhistorisk Museum, UiO.

    Lav ved Mokk kobbergruveDeltakere studerer lav ved Mokk kobbergruve. Foto Mika Bendiksby (CC-BY).

    Juha Pykala & Mika BendiksbyJukka Pykälä og Mika Bendiksby tar prøver til DNA-strekkoding. Foto Einar Timdal (CC-BY).

  • Miljøstrekkoding i ferskvann

    Er DNA strekkoding av vann og sparkeprøver bedre enn tradisjonelle metoder i miljøovervåkning av ferskvann? Dette er et av spørsmålene forskere ved NTNU Vitenskapsmuseet, BIO, NINA, NIVA og ZFMK ønsker å besvare i det nystartede prosjektet “Environmental barcoding av aquatic invertebrates (EBAI)”.

    Nylig ble det gjennomført feltarbeid i Rondane der både vann og bunndyr ble hentet ut av elven Døråla. Bunndyr ble lagt på sprit, mens vann ble filtrert gjennom ulike filtertyper.

    Kick samples VollenTerje Bongard (NINA) og Karstein Hårsaker (NTNU Vitenskapsmuseet) tar sparkeprøver ved Vollen. Foto: Torbjørn Ekrem (CC-BY).

    Postdoktor Markus Majaneva og prosjektleder Torbjørn Ekrem ved NTNU Vitenskapsmuseet rapporterer om svært vellykket feltarbeid der ikke engang kuling og regn kunne sette en stopper for filtrering av vannprøvene i det mobile laboratoriet (bagasjerommet på en bil). Resultatene fra det første eksperimentet er ventet sent i 2015 eller begynnelsen av 2016.

    FiltreringsoppsettFiltrering av vann. Foto Torbjørn Ekrem (CC-BY).

    Prosjektet er finansiert av Norges forskningsråd og Miljødirektoratet.

     

     

  • Environmental barcoding of aquatic invertebrates

    Is environmental DNA barcoding of water and benthos samples more effective than traditinonal methods in biological monitoring of freshwater ecosystems? This is one of the questions researchers at the NTNU University Museum, BIO, NINA, NIVA and ZFMK wish to answer in the project “Environmental barcoding av aquatic invertebrates (EBAI)”.

    A team from the project recently visited Rondane National Park where both water and benthic invertebrates were collected from the River Døråla. The invertebrates were fixed on ethanol while water was filtered through different filter types.

    Kick samples VollenTerje Bongard (NINA) and Karstein Hårsaker (NTNU University Museum) performing kick sampling at Vollen. Photo: Torbjørn Ekrem (CC-BY).

    Post doctor Markus Majaneva and PI Torbjørn Ekrem at the NTNU University Museum reports on a very successful fieldwork where not even strong winds and rain could stop filtering of the water samples in the mobile laboratory (in the back of a car). The first results from the experiments are expected towards the end of 2015 or the beginning of 2016.

    FiltreringsoppsettFiltering water. Photo Torbjørn Ekrem (CC-BY).

    The project is funded by the Research Council of Norway and the Norwegian Environment Agency.

     

  • DNA barcoding of Insects from the Swedish Malaise Trap Project

    Gunnhild Marthinsen (Natural History Museum Oslo) and Aina Mærk Aspaas (NTNU University Museum) visited Station Linné on Öland in June/July 2015 to sample insects from the Swedish Malaise Trap Project. As part of the collaboration  between NorBOL and the Swedish Barcode of Life Initiative (SweBOL), the two barcode managers wanted to sample Nordic insect species that had not already been barcoded from Norway.

    Aina-Aspaas-Oland-labAina Mærk Aspaas samples insect legs on Station Linné. Photo: Gunnhild Marthinsen.

    By the end of a short week, Aina and Gunnhild had sampled and photographed nearly 600 insects. The samples will be shipped to the Biodiversity Institute of Ontario for DNA analyses in August and results are expected later this autumn.

    Gunnhild-Marthinsen-Oland-lGunnhild Marthinsen photographs hymenoptera on Station Linné. Photo: Aina Mærk Aspaas.

    Thanks to Pelle Magnusson and Dave Karlsson for all help at the station!

  • DNA-strekkoding av insekter fra Svenska Malaisefälleprojektet

    Gunnhild Marthinsen (Naturhistorisk museum Oslo) og Aina Mærk Aspaas (NTNU Vitenskapsmuseet) dro i regi av NorBOL til Station Linné på Öland i juni/juli 2015 for å ta prøver av insekter fra det svenske malaisefelleprosjektet. Turen var en del av samarbeidet med det svenske initiativet på DNA-strekkoding (SweBOL) og hadde som mål å strekkode nordiske insektarter som ennå ikke er prøvetatt fra Norge.

    Aina-Aspaas-Oland-labAina Mærk Aspaas plukker insektbein på Station Linné. Foto: Gunnhild Marthinsen.

    I løpet av en knapp uke ble nærmere 600 insekter prøvetatt og fotografert. Prøvene vil bli sendt til DNA analyse hos Biodiversity Institute of Ontario i august og resultater forventes litt senere på høsten.

    Gunnhild-Marthinsen-Oland-lGunnhild Marthinsen fotograferer veps på Station Linné. Foto: Aina Mærk Aspaas.

    Stor takk til Pelle Magnusson og Dave Karlsson for hjelp med å legge forholdene til rette!

  • Fuglekrasj – barnearrangement ved Tromsø museum

    Hver søndag er det barnearrangement på Tromsø museum og søndag 10 mai var det DNA-strekkoding og fuglekrasj som sto på programmet. Selv om været var flott var det noen som tok turen innom museet og var med og lekte detektiv.

    strekkoder og seigmenn

    Historien bak er at en fugl har krasjet med et fly og alt som er igjen av fuglen er en fjær. Hvilken fugleart er det som har krasjet med flyet? Ut fra den fjæra som er igjen har vi funnet en DNA strekkode på 8 bokstaver, men vi vet ikke hvilken fugleart det er. Barna fikk i oppdrag å gå rundt i utstillingene for å finne ut hvilken fugl som hadde samme genetiske kode.

    Da rett fugleart ble funnet fikk de bygge den genetiske koden med seigmenn, og det går akkurat 8 seigmenn på en cocktail pinne (nam).

    Marie Kristine Føreid, Tromsø museum

  • Bird-strikes: DNA barcoding for children at Tromsø University Museum

    Tromsø Univeristy Museum has activities for children every Sunday. On Sunday May 10 this activity was on DNA barcoding and bird-strikes! Even though the weather was good outside, many children visited the museum to play detectives.

    strekkoder og seigmenn

    The background story is that a bird has struck an air-plane, but all that is left is this feather. Which bird species could it be? With a barcode string of letters from the feather, the children had to search the exhibition for a bird with matching DNA barcode. When found, they could build a barcode of “jelly-men”, each letter corresponding to a certain colour. Exactly 8 of them fit on the stick and made a great treat.

    Marie Kristine Føreid, Tromsø museum

  • Symposium on Biodiversity and DNA barcoding

    Symposium banner

    The Norwegian Biodiversity Information Centre and the Norwegian Barcode of Life Network (NorBOL) have the pleasure of inviting you to a symposium on Biodiversity and DNA barcoding in Trondheim November 11-12, 2015. The goal of this conference is to communicate new knowledge on Norwegian species and show how DNA barcoding contributes to our understanding of species diversity, biology and ecology. We think the symposium will be an attractive venue for researchers, student and managers of biodiversity and are pleased to have distinguished speakers from Canada, UK, Finland, Sweden and Norway. Among the confirmed participants are Paul Hebert, Sujeevan Ratnasingham, Natasha de Vere and Tomas Roslin. For more information on the conference, speakers and registration, please visit the symposium website: Biodiversity and DNA barcoding. Welcome!

    The organizing committee
    Ingrid Salvesen
    Ingrid Ertshus Mathisen
    Aina Mærk Aspaas
    Torbjørn Ekrem

  • Symposium på artsmangfold og DNA-strekkoding

    Symposium banner

    Artsdatabanken og det norske nettverket for DNA-strekkoding (NorBOL) har gleden av å invitere til symposium på biodiversitet og DNA-strekkoding i Trondheim 11-12. november 2015. Konferansen har som mål å formidle ny kunnskap om arter i Norge og vise hvordan DNA-strekkoding bidrar til forståelsen av arters mangfold, biologi og økologi. Vi håper at symposiet vil bli en attraktiv møteplass for forskere, studenter og forvaltere av biologisk mangfold og kan friste med foredrag fra flere anerkjente forskere, blant annet Paul Hebert, Sujeevan Ratnasingham, Natasha de Vere og Tomas Roslin. Mer informasjon om konferansen, bekreftede foredragsholdere og lenke til påmelding finnes her: Biodiversity and DNA barcoding. Velkommen!

    Arrangementskomiteen
    Ingrid Salvesen
    Ingrid Ertshus Mathisen
    Aina Mærk Aspaas
    Torbjørn Ekrem

  • NorBOL-workshop ved Universitetsmuseet i Bergen

    Forrige uke har vi ved Evertebratsamlingen gjennomført årets workshop for nye bidragsytere til NorBOL. Målet med workshopen var å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom BOLD databasen (Barcode of Life Data Systems).

    Vi var ca. 15 deltagere, medregnet noen «satellitter» som ikke hadde anledning til å delta fulltid alle dagene. Deltagerne kom i fra BIOFORSK, Havforskningsinstituttet, Helgeland museum, Universitetet i Nordland, UiT Universitetsmuseet, Norsk Institutt for Vannforskning, og Universitetsmuseet i Bergen.

    Vi begynte med et par introduksjonforedrag før vi gikk løs på den praktiske biten. Det ble arbeidet med svært ulike organismegrupper; pseudosopp, tanglus og tanglopper, sommerfugler, hoppekreps, børstemark, tifotkreps, marine fisk og soppmygg.

    Pythium pseudosopp. Foto: M. Skogen

    Pseudosopp. Foto: M. Skogen.

    De ulike organismegruppene krever litt ulike tekniske tilnærminger for DNA-sekvensering gjennom BOLD-systemet. For eksempel er mange dyr så små at de nærmest må behandles med «kriminaltekniske søk etter DNA-spor». For de ørsmå hoppekrepsene og vannloppene valgte vi derfor forsøksvis å gjøre ekstraksjoner på «hjemmelaben». Håpet var å øke mulighetene for å berge restene av eksoskjelettet som blir igjen når de bløte delene løses av en proteinspisende ekstraksjonsløsning. Om en er heldig med denne behandlingen, vil en deretter kunne observere de bygningsmessige artskarakterene på eksoskjelettet i mikroskopiske preparater.

    Alle deltakerne gjorde en kjempeinnsats, og seks plater á 95 prøver ble produsert i løpet av et par hektiske dager. Sammen med ferdigstillelsen av noen prøveplater vi hadde «tjuvstartet» på ved UM så har vi nå 9 plater som er klare til innsending, samt et par som er på gang. Arbeidet med en plate er ganske omfattende og innebærer alt i fra utvelgelse av ønskede prøver, dokumentering av disse (foto + utfylling av filer), opplasting av data til BOLD, til selve vevsprøvetakingen – så vi er godt fornøyde med innsatsen!

    krabbe til barcoding

    Krabbe til strekkoding.

    KK_JK_soppmyggfotos

    Fotografering av soppmygg.

Translate »