Author: Torbjørn Ekrem

  • PhD in metabarcoding at Tromsø University Museum

    There is an open PhD-position in metabarcoding at the Tromsø University Museum. The PhD position will be connected to two ongoing projects. 1) The Norwegian Barcode of Life (NorBOL): Development of DNA barcodes for vascular plants through low coverage shotgun sequencing of genomic DNA and assemblage of whole plastid DNA genomes, nuclear rDNA and large parts of mitochondrial genome. 2) The After Ice DNA Metabarcoding project (see https://en.uit.no/ansatte/inger.g.alsos) explores the occurrence of boreal species at northern latitudes by ancient DNA analyses using the P6 loop of the plastid DNA trnL (UUA) intron. Lake sediments have been collected at key sites for palaeoenvironmental reconstructions in Norway and Svalbard.

    The PhD candidate will bridge these projects by developing laboratory and bioinformatic tools to apply shotgun sequencing on the ancient samples. This will provide valuable data which the candidate will use to explore effects of past climate change on e.g. species turnover, dispersal, extinction, and phylogenetic diversity. In both projects, we collaborate with colleges at the University Joseph Fourier in Grenoble, who run similar projects focused on the Alps, and the candidate is expected to spend a 3-6 month research stay there.

    See: https://www.jobbnorge.no/ledige-stillinger/stilling/110289/phd-candidate-in-metabarcoding-at-tromsoe-university-museum

  • PhD i metabarcoding ved Tromsø museum

    There is an open PhD-position in metabarcoding at the Tromsø University Museum. The PhD position will be connected to two ongoing projects. 1) The Norwegian Barcode of Life (NorBOL): Development of DNA barcodes for vascular plants through low coverage shotgun sequencing of genomic DNA and assemblage of whole plastid DNA genomes, nuclear rDNA and large parts of mitochondrial genome. 2) The After Ice DNA Metabarcoding project (see https://en.uit.no/ansatte/inger.g.alsos) explores the occurrence of boreal species at northern latitudes by ancient DNA analyses using the P6 loop of the plastid DNA trnL (UUA) intron. Lake sediments have been collected at key sites for palaeoenvironmental reconstructions in Norway and Svalbard.

    The PhD candidate will bridge these projects by developing laboratory and bioinformatic tools to apply shotgun sequencing on the ancient samples. This will provide valuable data which the candidate will use to explore effects of past climate change on e.g. species turnover, dispersal, extinction, and phylogenetic diversity. In both projects, we collaborate with colleges at the University Joseph Fourier in Grenoble, who run similar projects focused on the Alps, and the candidate is expected to spend a 3-6 month research stay there.

    See: https://www.jobbnorge.no/ledige-stillinger/stilling/110289/phd-candidate-in-metabarcoding-at-tromsoe-university-museum

  • Postdoctoral researcher in environmental barcoding

    The NTNU University Museum is seeking a highly qualified postdoctoral researcher for a project on environmental barcoding/metabarcoding of freshwater invertebrates. The position is for 3 years, preferably with start June 1, 2015 and is connected to a project funded by the Research Council of Norway and the Norwegian Environment Agency that involves partners from Canada, Germany and Norway.

    For more information, please see the full announcement: https://www.jobbnorge.no/ledige-stillinger/stilling/109370

  • Postdoktor i miljøstrekkoding

    NTNU Vitenskapsmuseet søker en godt kvalifisert og motivert postdoktor for et prosjekt på miljøstrekkoding av makroinvertebrater i ferskvann. Stillingen er for tre år, fortrinnsvis med oppstart 1. juni, 2015. Prosjektet er finansiert av Norges forskningsråd og Miljødirektoratet og har samarbeidspartnerer i Canada, Tyskland og Norge.

    Se Jobbnorge for ytterligere detaljer: https://www.jobbnorge.no/ledige-stillinger/stilling/109370

  • Workshop i DNA-strekkoding ved Universitetsmuseet i Bergen, mars 2015

    På vegne av NorBol og Universitetsmuseet i Bergen, ønsker vi velkommen til workshop  i DNA-strekkoding for biomangfoldsstudier. Invitasjonen retter seg særlig mot nye bidragsytere til NorBOLs arbeid gjennom BOLDSYSTEMS, og målet med workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom dette systemet.

    Tid og sted

    Aktivitetene vil foregå i ved Naturhistorisk avdeling i Realfagbygget i tiden 9.-11. mars 2015. Deltakerne må regne med lengre arbeidsdager enn normal arbeidstid.

    Innhold

    Deltakerne skal, i løpet av workshopen, arbeide seg gjennom alle trinn i klargjøringen av en full DNA-prøveplate (95 prøver). Dette innebærer fotografering og dataregistrering av hver enkelt organismeprøve, (vevs-)prøvetaking, og  innsending av prøveplater og data til BOLD-systemet.

    Det forventes at deltakerne medbringer materiale av den flercellede organismegruppen de skal arbeide med (fortrinnsvis ca. 5 individer per antatt art fra norsk område). Deltakere med nye prosjekttildelinger fra Artsdatabanken, og som ennå ikke har egnet materiale, kan likevel delta ved å samarbeide med andre deltakere som har materiale.

    I dette kurset vil vi også gi korte innføringsforedrag om teoretiske aspekter ved DNA-strekkoding og om relevante bioinformatiske analysemetoder, spesielt de som tilbys gjennom BOLD.  Vi vil kort redegjøre for betingelser som gjelder for NorBOL-finansierte sekvenseringsprosjekter. Vi vil også vise eksempler på ulike behov for systematisk og taksonomisk oppfølging som strekkodedata kan synliggjøre når strekkoder er produsert.

    Instruktører

    Katrine Kongshavn, Endre Willassen, Lena Ohnheiser m.fl.

    Finansiering

    Workshopen er finansiert av NorBOL og vil dekke reise på rimeligste måte, overnatting på Steens Hotel og opphold for en person per pågående prosjekt. Antall deltakere vil være begrenset til 10.

    Påmelding

    gjøres per e-post til Katrine Kongshavn (Katrine.Kongshavn_at_um.uib.no) innen 09. februar. Innen 14. februar vil vi gi beskjed om hvorvidt du har fått plass på årets workshop.

    Påmeldingen må inneholde:

    1. Navn, adresse og kontaktinformasjon
    2. Om du har behov for overnatting
    3. Kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du arbeider med og om eventuell finansiering fra Artsdatabanken eller andre kilder for videre arbeid. Hvilke og hvor mange prøver du tenker å prosessere under workshopen, og hvilken type fotoutstyr du trenger for å dokumentere dine «vouchers». Skriv også et par ord om eventuell tidligere erfaring med sekvensering / strekkoding.
    4. Hvilke tema du ønsker du eventuelt å lære mer om (flere valg mulig):
    • Oppbygning av Barcode of Life Data Systems (BOLD, www.boldsystems.org) og hvordan starte et nytt prosjekt.
    • Vevsprøvetaking, fylling av prøveplater.
    • Bildetaking og innsending av bilder til BOLD.
    • Innsending av egenproduserte sekvenser og trace-files til BOLD.
    • Analysering av sekvenser/diversitet med verktøy i BOLD.

  • DNA-strekkoding på Desembernatt – Tromsø Museum

    Under tittelen «Naturens strekkoder» ble DNA-strekkoding vist frem på årets Desembernatt ved Tromsø Museum – Universitetsmuseet.

    Den 4. desember ble Desembernatt arrangert for tiende år på rad. Arrangementet fant sted første torsdag i desember og hadde aktiviteter for store og små i utstillingene, foredrag med mer. I år var det rekord med 745 besøkende i løpet av kvelden!

    Barcode manager Marie Kristine Føreid sammen med Per Sjögren, Heini Rämä og Inger Kristin Tronstad stod i spissen for en aktivitet som viste hva DNA-strekkoding er samt hvordan man kan bruke DNA-strekkoding i forskningen. I oppgaven «Mysteriejuicen» skulle gjestene smake på en juiceblanding bestående av 2-4 forskjellige sorter for å se om de kunne smake seg fram til hvilke dette var og kontrollere om de hadde rett ved bruk av spesifikke strekkoder.

    Gjett hvilken juice det er?Gjett hvilken juice det er? Foto: Mari Karlstad.

    I tillegg til mysteriejuicen ble det satt opp en mini-utstilling for å vise hvordan vi faktisk arbeider for å få tak i en DNA-strekkode fra en blomstrende plante. Og mange var interessert i prosessen der man går fra å ha et blad til å ha DNA i et lite rør. Dette ble illustrert ved hjelp av eksempler fra et klassisk elevforsøk med ekstraksjon av DNA fra spinat.

    Mange nysgjerrige tok turen innom verkstedet vårt og det var en koselig og givende kveld.

    Ekstraksjon av DNAEkstraksjon av DNA. Foto: Per Sjögren.

  • Over 5000 arter fra Norge med strekkoder

    16000 strekkoder fra over 5000 arter er hittil blitt samlet inn i Norge. Rundt 70 prosent av materialet, om lag 4000 arter, kommer fra Artsprosjektet. DNA-suksessen kan sies å være som en dobbel helix: Det internasjonale biblioteket, som kartleggerne fyller med strekkoder i et forrykende tempo, er samtidig essensielt for forståelsen av arter, en kunnskap de samme kartleggerne trenger i sine prosjekter.

    – Uten kartleggingen gjennom Artsprosjektet ville vi aldri ha kommet så godt i gang med strekkodingen av biologisk mangfold i Norge, sier Torbjørn Ekrem ved NTNU Vitenskapsmuseet, som leder NorBOL, og legger til at det er gledelig å se hvor nyttig metoden også er for kartleggingen som foregår gjennom Artsprosjektet.

    Flest strekkoder fra insekter

    Mange forskjellige arter er representert i materialet som er DNA-strekkodet, men det er stor overvekt av en gruppe: Over halvparten av strekkodene kommer fra insektenes verden. Deretter følger karplantene med nærmere 12 prosent, 7 prosent er sopp, nærmere 9 prosent er fugler, og moser, leddormer og andre leddyr utgjør 4 prosent hver.

    – Det er ikke så underlig at insektene dominerer i og med at det er kjent over 17 000 arter fra Norge. Tallene gjenspeiler også hvor innsatsen har vært størst, og hvilke organismegrupper som er lettest å analysere, sier Ekrem.

    Artsfordeling NorBOL

    Fordeling av strekkodete arter på ulike organismegrupper. Figur Torbjørn Ekrem CC-BY 4.0

    Les mer om DNA-strekkoding fra Artsprosjektet her.

     

     

     

  • The NorBOL barcode managers

    The Norwegian Barcode of Life initiative is now established as a national research infrastructure for DNA barcoding. As part of the project, four barcode managers were employed in the spring 2014. These enthusiastic persons each sit at one of the university museums in Bergen, Oslo, Tromsø and Trondheim and will be regional contacts, coordinators and support in the development of the barcode library of the Norwegian fauna, flora and fungi. We are very pleased to have such good candidates in these positions and look forward to close collaboration! Here are the NorBOL barcode managers:

    Aina Mærk Aspaas

    Aina Mærk Aspaas

    Aina has a background in freshwater ecology and has experience with molecular techniques in ecology and systematics. For her MSc-project she worked on benthic invertebrates in sub-alpine streams, focusing on mayflies, stoneflies and caddisflies. She has experience from various barcode projects and BOLD and has been supervising new users at the national workshops on DNA barcoding in 2013 and 2014. Aina will be the regional contact for Central Norway and coordinate the barcoding of freshwater invertebrates and bryophytes in Norway.

    Marie Kristine Føreid

    Marie Føreid

    Marie is an ecologist who did her Bachelor at the University of Bergen and MSc at the University of Tromsø. Her Master-thesis «Regional phylogeography of a clonal salt marsh species, Puccinellia phryganodes (Poaceae), in Svalbard» was done in collaboration with the University Centre of Svalbard (UNIS).  Marie has experience from field work in the Arctic and with AFLP-techniques and has worked on a Clean lab with ancient DNA and multiple extraction techniques. Marie will be the regional contact for northern Norway and in collaboration with Inger Alsos coordinate the barcoding of vascular plants and ascomycetes in Norway.

    Katrine Kongshavn

    Katrine Kongshavn

    Katrine has worked at the invertebrate department at the University Museum of Bergen since 2009. She has a MSc in biodiversity, evolution and ecology and has been involved in various projects at the museum. Among these are curation of material from the MAREANO-project, african marine benthic invertebrates, Skagerrak and polychaetes from Norwegian waters. The barcoding of marine invertebrates and taxonomically related groups (e.g. terrestrial Annelida and Crustacea) will be coordinated from the University Museum in Bergen. The natural history collections have an active blog that also reports on NorBOL news: https://evertebrat.b.uib.no/

    Gunnhild Martinsen

    Gunnhild Marthinsen

    Gunnhild Marthinsen has a PhD in population genetics on birds from the University of Oslo (2007). She has since then worked as DNA-lab technician and DNA barcode coordinator at the Natural History Museum in Oslo. Gunnhild has broad experience in molecular genetic tools and has sequenced COI from many different animal groups. Her research interest has mainly been on speciation and speciation processes. As NorBOL barcode manager at the Natural History Museum in Oslo, Gunnhild will be coordinating DNA barcoding of terrestrial insects, bacidiomycetes. lichens and smaller groups on non-marine invertebrates. She will also be the regional contact for eastern and southern Norway.

  • DNA barcoding of Norwegian bacidiomycetes

    The marvellous fungal season of 2014 in southern Norway provided a kick-start to the barcoding of Norwegian bacidiomycetes for the BOLD-library.

    Barcoders from the Natural History Museum in Oslo were given the opportunity to join the annual meeting of the Norwegian mycological and useful plants association. The 120 participants shared their findings and their knowledge with us, and 405 species were collected for DNA barcoding at the meeting in Sørmarka, south of Oslo. We are very pleased with this result. Thanks you to all participants!

    Sopp fra hostsopptreff. Foto: Gunnhild Marthinsen

    Text and photo: Gunnhild Marthinsen.

  • DNA-strekkoding av sopp fra høstsopptreff

    Den fantastiske sopphøsten i 2014 ga en pangstart på strekkodingen av norske stilksporesopp til BOLD-biblioteket.

    Strekkodere fra Naturhistorisk museum i Oslo fikk lov til å være med på Norges sopp- og nyttevekstforbunds høstsopptreff, hvor 120 deltakere delte sine funn og sin kunnskap til våre analyser. Hele 405 arter ble samlet inn på vei til og under treffet i Sørmarka. Dette er vi svært godt fornøyd med!

    Sopp fra hostsopptreff. Foto: Gunnhild Marthinsen

    Tekst og foto: Gunnhild Marthinsen

Translate »